The Sacred Beast Cosmos nasce, e la sua regina è stata scelta. Dopo un breve soggiorno al Sacred Bird Cosmos, il nascente cosmos è diventato ospitale e ha manifestato il suo primo pianeta. La nuova Regina e il suo assistente sorvegliano insieme il loro regno in crescita, seppur privo di vita, nel loro palazzo di nuova costruzione. Un giorno, una potente entità che si chiama "the Emperor" invade il Sacred Bird Cosmos per conquistarlo per sé. Separa i Sacred Guardians e trasforma gli abitanti del suo pianeta natale in mostri. Con la Regina indebolita, costretta a nascondersi, Rosalia si affretta dalla Regina del Sacred Beast Cosmos per chiedere assistenza. Rosalia dà al protagonista abbigliamento da combattimento e un bastone leggendario, Ellicia the Gray, per prepararla al suo viaggio. La protagonista deve trovare i suoi alleati e salvare la Regina del Sacred Bird Cosmos dall'Imperatore.