La modalità campagna basata sulla storia consiste in scenari correlati con obiettivi prestabiliti, come distruggere un determinato edificio. In Age of Empires III, la campagna segue la famiglia fittizia Black in una serie di tre "Atti", che dividono l'arco narrativo in tre generazioni. Tutti e tre gli atti sono narrati da Amelia Black (Tasia Valenza). Invece di giocare come una delle civiltà standard, il giocatore controlla civiltà speciali legate al personaggio o al periodo che ogni Atto rappresenta: i Cavalieri di San Giovanni per l'Atto I, i Mercenari di John Black per l'Atto II, e gli Stati Uniti per l'Atto III. La maggior parte delle unità del giocatore parla inglese, con l'eccezione di unità uniche come i Rodeleros spagnoli e i Lancieri o gli Uhlani tedeschi e i Carri da Guerra. Atto I: Sangue Alla fine del XVI secolo, Morgan Black—a Scottish-born mid-level commander of the Knights of Saint John—difende la loro ultima roccaforte a Malta dalle forze di Sahin "The Falcon" dell'Impero Ottomano (in una versione della Grande Assedio di Malta). Quando i Turchi fuggono, Morgan e il suo superiore Alain Magnan scoprono una biblioteca di pietra che racconta del Lago della Luna; della Fonte della Giovinezza, una presunta fonte di vita eterna; e di una società segreta chiamata Circolo di Ossus, che cercano la Fonte per proprio tornaconto. Alain ordina a Morgan di navigare verso il Nuovo Mondo per cercare il Lago, ma Morgan viene attaccato dalla pirata Elisabet "Lizzie" Ramsey e sbarca nelle isole dei Caraibi. Dopo essersi riuniti e aver sconfitto Lizzie, gli uomini di Morgan trovano alcune carte di navigazione e prendono la via per la Nuova Spagna. Nel Yucatán, le forze di Morgan distruggono una base ottomana. Tuttavia, lo spagnolo conquistatore Francisco Juan Delgado de León cattura Sahin. Morgan difende quindi i suoi nuovi alleati aztechi dagli spagnoli e scopre che Delgado stava cercando la mappa per il Lago della Luna, camuffata da mosaico di una piazza cittadina. Morgan prende il largo per la Florida, ma la sua flotta è danneggiata da un uragano e approda all'Avana, Cuba, dove ottiene il rispetto di Lizzie e le promette l'oro della flotta di tesoro spagnola se la porta in Florida. In Florida, mentre Alain rivendica il lago, Morgan e Lizzie catturano navi da tesoro spagnole e Sahin, uccidendo Delgado nel processo. Sahin dice a Morgan che voleva solo impedire che il Circolo reclamasse la Fonte. Alain ordina a Morgan di giustiziare Sahin, ma Sahin e Lizzie convincono Morgan che in realtà Alain guida il Circolo di Ossus. Al Lago della Luna, il gruppo cattura un enorme cannone stazionario chiamato "Fixed Gun" dal Circolo. Usando il Fixed Gun, le navi incendiari di Lizzie e le truppe di terra di Morgan tengono a bada i soldati Boneguard d'élite del Circolo, uccidono Alain e distruggono la Fonte. Dopo la battaglia, Sahin torna in Turchia, e Lizzie, avendo perso l'oro spagnolo, parte per i Caraibi, sebbene si lasci intuire che lei e Morgan si riuniranno. Morgan si chiede silenziosamente se abbiano davvero trovato la Fonte della Giovinezza, quindi riempie la sua borraccia vuota con l'acqua del lago.