Quindici anni dopo gli eventi del film originale Alien, Amanda Ripley, figlia di Ellen Ripley, viene a sapere da Christopher Samuels, un androide al servizio della Weyland-Yutani, che il registratore di volo della nave di sua madre, il Nostromo, è stato recentemente rinvenuto dall'equipaggio di un vascello di recupero, l'Anesidora. Il registratore di volo è custodito a bordo di Sevastopol, una stazione spaziale remota di proprietà della Seegson Corporation, in orbita attorno al gigante gassoso KG-348. Samuels offre a Ripley un posto nel team Weyland-Yutani inviato a recuperarlo affinché possa avere una chiusura riguardo al destino della madre scomparsa. Ripley, Samuels e l'esecutiva di Weyland-Yutani Nina Taylor partono per Sevastopol a bordo della Torrens, nave corriere. Il gruppo arriva a Sevastopol per trovare la stazione danneggiata e le sue comunicazioni fuori servizio. Tentano una passeggiata nello spazio per raggiungere la stazione per indagare, ma la linea EVA viene recisa dai detriti, e Ripley si separa dagli altri e si trova costretta ad entrare nella stazione da sola. Mentre esplora Sevastopol, Ripley trova il registratore di volo del Nostromo senza dati e scopre che la stazione è fuori controllo a causa di una mortale creatura aliena che si aggira a bordo. Dopo essersi riunita con Samuels e Taylor, Ripley incontra il Maresciallo della stazione, Waits, e il suo vice, Ricardo. Waits spiega che l'alieno fu portato sulla stazione dal capitano dell'Anesidora, Henry Marlow, la cui ciurma ha scoperto il registratore di volo vicino alla luna LV-426, dove hanno anche trovato una nave derelitta precedentemente rinvenuta dall'equipaggio del Nostromo e un nido di uova aliene contenute al suo interno. Mentre esploravano la navicella derelitta, la moglie di Marlow fu attaccata da un facehugger. Fu poi portata a bordo di Sevastopol per un trattamento medico di emergenza, ma morì dopo che un chestburster emerse dal suo torace. Waits persuade Ripley a contenere l'alieno dentro un modulo remoto della stazione. Nonostante Ripley sia riuscita, Waits espelle il modulo dalla stazione con lei ancora all'interno. Mentre il modulo si dirige a tutta velocità verso KG-348, Ripley effettua un salto nello spazio per tornare a Sevastopol indossando una tuta spaziale. Ripley fa ritorno per affrontare Waits, ma Ricardo rivela che gli androidi di servizio della stazione hanno improvvisamente iniziato a massacrire i restanti membri dell'equipaggio, incluso Waits. Samuels tenta di interfacciarsi con l'intelligenza artificiale di controllo della stazione, APOLLO, per porre fine al massacro. Tuttavia, le contromisure difensive del sistema lo uccidono poco dopo che apre un varco per Ripley nel nucleo di controllo di APOLLO. Lì, Ripley scopre che Seegson aveva cercato di vendere Sevastopol a Weyland-Yutani, che aveva istruito APOLLO a proteggere l'alieno a ogni costo. Ripley dice ad APOLLO che la creatura non è più a bordo della stazione e pretende che si cessino tutte le attività, ma il sistema si rifiuta, affermando che «le scansioni del reattore programmate non sono verificate». Al reattore, Ripley scopre un nido alieno e avvia una purga del reattore per distruggerlo. Ripley apprende da Ricardo che Taylor era stata inviata a recuperare l'alieno e che aveva liberato Marlow in cambio della posizione di LV-426. Tuttavia, Marlow l'ha ingannata e l'ha presa in ostaggio a bordo dell'Anesidora. A bordo dell'Anesidora, Ripley scopre un messaggio di sua madre registrato dopo la sua prima relazione sui fatti accaduti sul Nostromo, fornendole finalmente una chiusura. Marlow tenta di sovraccaricare il reattore di fusione dell'Anesidora per distruggere la stazione e garantire che nessuna creatura aliena sopravviva; Taylor lo uccide nel tentativo di invertire il processo, ma lei stessa viene uccisa dalla scarica elettrica, costringendo Ripley a fuggire poco prima che l'Anesidora esploda. L'esplosione distrugge gli stabilizzatori orbitali di Sevastopol, causando che la stazione derivi lentamente nell'atmosfera di KG-348. Ripley e Ricardo contattano la Torrens per l'estrazione, ma un facehugger si aggrappa a Ricardo, costringendo Ripley a lasciarlo. Dopo essersi diretta verso l'esterno per aiutare la Torrens a sganciarsi dalla stazione, Ripley è circondata da creature aliene e, alla fine, viene scaraventata all'interno della nave da una detonazione. A bordo della Torrens, Ripley scopre che un altro alieno è salito a bordo della nave. Quando Ripley è accerchiata nell'airlock, si espelle nello spazio insieme all'alieno. Alla deriva, indossando la sua tuta spaziale, Ripley viene svegliata da una luce di ricerca.