17 settimane dopo gli eventi di Aliens, un intero battaglione di Colonial Marines si dirige verso LV-426 a bordo dell'USS Sephora in risposta a un messaggio di soccorso inviato dal Corporal Dwayne Hicks. All'arrivo, la Sephora si aggancia all'USS Sulaco, ora in orbita intorno a LV-426 in qualche modo nonostante fosse stata vista l'ultima volta sopra Fiorina "Fury" 161, e invia i Marines a bordo per indagare. All'interno della nave viene scoperta una massiccia infestazione di Xenomorfi e diversi Marines vengono uccisi nel primo assalto. Mentre ispezionano la nave, il Corporal Winter, il Private O'Neal e la Private Bella Clarison scoprono che i PMC di Weyland-Yutani sono ora al comando della Sulaco e hanno allevato Xenomorfi a bordo per studio. I mercenari aziendali ostili attaccano la Sephora usando l'armamento della Sulaco e entrambe le navi vengono distrutte dopo che la Sephora risponde. Winter, O'Neal, Bella, il loro comandante Captain Cruz, l'androide Bishop e il pilota Lieutenant Reid fuggono a bordo del dropship di Reid e trovano rifugio tra le rovine del complesso colonico Hadley's Hope su LV-426, che ora giace quasi completamente distrutto dopo la detonazione della sua Atmosphere Processing Plant. Cruz ordina a tutti i superstiti dei Colonial Marine di riunirsi nella colonia, nella speranza di resistere fino all'arrivo di un soccorso. Mentre ispeziona le rovine della colonia, Winter scopre Xenomorfi che reagiscono solo al suono e al movimento e attaccano esplodendo in modo suicida, nonché il cadavere del Marine della Sulaco Private Hudson. Con la loro posizione quanto più sicura possibile, Cruz ordina a Winter di recarsi in una vicina struttura di ricerca Weyland-Yutani allestita vicino al relitto della nave e di recuperare un registro di carico che identifichi un prigioniero sconosciuto catturato dall'azienda, apparentemente un sopravvissuto della Sulaco. Si scopre che Bella è incinta di un Chestburster, e nel tentativo di salvarla, Winter e O'Neal accettano la missione e accompagnano Bella alla struttura, dove hanno intenzione di convincere il personale sopravvissuto a rimuovere l'embrione. Tuttavia, all'arrivo, un ufficiale medico Weyland-Yutani interrogato spiega loro che la vita di Bella non può essere salvata, poiché anche se l'embrione dovesse essere estratto con successo, la placenta invasiva della creatura è cancerosa e la ucciderebbe comunque. Bella muore quando il Chestburster si schiude mentre lei si sta salutando con Winter e O'Neal. Winter e O'Neal recuperano il registro che dovevano trovare e salvare il prigioniero, rivelato essere il Corporal Hicks, che spiega che Weyland-Yutani intercettò e imbarcò la Sulaco prima dell'arrivo a Fiorina 161. Un incendio nella baia dell'ibernazione ha successivamente costretto Ripley, Newt e Lance Bishop a essere espulsi dalla nave in un EEV, insieme al corpo di un uomo non identificato che era stato scambiato per il Corporal. Hicks stesso è stato catturato dal personale Weyland-Yutani e sottoposto a torture durante l'interrogatorio, supervisionato da Michael Weyland nel tentativo di saperne di più sulle origini degli Xenomorph e per ottenere il controllo dei sistemi d'arma della Sulaco. Da Hicks, i Marines su LV-426 apprendono che una nave in grado di viaggiare FTL è ormeggiata presso la struttura di ricerca, rappresentando l'ultima possibilità per i superstiti di fuggire dalla luna. Dopo aver riunito il restante personale della Sephora e respinto un nuovo attacco di Xenomorph sulla colonia, il Capitano Cruz ordina un assalto generale al complesso Weyland-Yutani nella speranza di catturare la nave FTL. Winter e Hicks guidano l'avanzata, ma la nave parte pochi minuti prima che possano raggiungerla. In un ultimo disperato tentativo, Cruz pilota un dropship fino alla nave in fuga e si schianta nel suo hangar. Winter è affrontata dalla Regina Xenomorfa nella sala dell'hangar e cerca di espellerla usando un sistema di lancio cargo, ma fallisce quando essa risale a bordo. Cruz si sacrifica quando lancia il dropship danneggiato direttamente contro la Regina, proiettando entrambi nell'alta atmosfera di LV-426. Winter, O'Neal, Reid, Bishop e Hicks trovano e affrontano Michael Weyland, ma Hicks deduce che egli sia solo un duplicato android lasciato come diversivo e lo elimina. In cerca di informazioni utili, Bishop si collega alla CPU dell'androide distrutto e afferma di avere "tutto", preparando il terreno per ulteriori confronti tra i Colonial Marines e la Weyland-Yutani Corporation.