La trama di Anna riguarda un uomo amnesico che sogna una segheria nelle montagne vicino alla sua città. Decide di andarci per scoprire la sua connessione ai suoi ricordi mancanti e a una donna di nome Anna che sembra chiamarlo, e entra in casa risolvendo enigmi nel giardino. Si rende conto che la casa è infestata dopo aver assistito a diversi fenomeni strani. Mentre il protagonista esplora, inizia a sentire voci appartenenti a se stesso e all'omonima Anna, tra gli altri. Attraverso queste voci e i testi trovati in tutta la segheria, scopre di aver avuto una storia ossessiva con una dea antica di nome Anna che aveva dimenticato da tempo. Tuttavia, la trama è ambigua da quel punto; un'interpretazione sostiene che in tempi remoti Anna attirasse gli uomini al culto, costringendoli ad uccidere coloro che avevano vicino o a morire di fame ai piedi della sua statua, e dopo che sedusse il protagonista, lui uccise la propria moglie e i propri figli per minacciare la sua relazione con Anna. L'altra interpretazione ritrae il protagonista come il cattivo, incontrando un avatar umano di Anna nella foresta e innamorandosi di lei. Tuttavia, dopo che lei se ne andò a causa della sua ossessione per lui e del suo temperamento abusivo, egli sacrificò i bambini per richiamarla di nuovo. Il gioco ha tre finali principali; in un'inversione della norma, più impegno si mette per ottenere una fine, meno ottimistica sarà la conclusione. Nel primo scenario, il protagonista conclude che Anna fu bruciata come strega secoli fa e lascia la casa, promettendo di non tornarci mai. Nel secondo finale, il protagonista ricorda Anna, realizza di non poter vivere senza di lei e si apre al possesso da parte sua, entrando a far parte della moltitudine di manichini presenti in tutta la casa. Nel terzo finale, il protagonista ricorda di aver ucciso la propria moglie dopo che lei profanò la statua di Anna, e trova la statua, insieme alle bambole dei suoi figli, in una piccola camera. Quando il tunnel che porta alla camera crolla, si rende conto che rimarrà nella camera per sempre, ma non gli importa perché ha Anna con sé. La trama è ambigua a causa dell'incertezza del protagonista sul fatto che la segheria sia reale o semplicemente un sogno, nonché per i strani fenomeni che si verificano lungo la storia e per la natura vaga e scollegata delle voci.