Arcanum inizia con una scena di intermezzo della IFS Zephyr, un zeppelin di lusso, durante il suo viaggio inaugurale da Caladon a Tarant. Due monoplani, pilotati da banditi mezzo-ogro, si avvicinano all'aeromobile e iniziano manovre d'attacco, riuscendo a abbatterlo. Un vecchio gnomo, passeggero a bordo della Zephyr, ora è nei suoi spasmi della morte tra detriti carbonizzati e dice al giocatore di portare un anello d'argento al "ragazzo", e muore poco dopo. Essendo l'unico sopravvissuto all'incidente, il personaggio principale è proclamato come "Il Vivente", una reincarnazione sacra, dall'unico testimone dell'incidente, Virgil. La storia segue il percorso del giocatore mentre cerca l'origine dell'anello.