Il titolo del gioco deriva dall'ultimo numero del fumetto Babylon 5 della DC, In Valen’s Name (scritto da J. Michael Straczynski e Peter David). Secondo il fumetto, queste erano le parole finali di Valen registrate dalla stazione Babylon 4. La storia del gioco è ambientata intorno a questa frase. L'utente deve scatenare il potere di un Starfury per distruggere i nemici. Facendo questo, l'utente entra nell'élite più alta chiamata Earthforce Intelligence Division. L'insonnia di Nirann è solo l'inizio di questa storia. Tuttavia, l'inizio reale si trova nel passato molto più distante. Si colloca nei leggendari tempi della Shadow Uprising, circa mille anni fa. Le giovani razze, unite dal grande leader Minbari Valen e con l'aiuto dei Vorlons, che apparvero davanti a loro come gli antichi dèi della luce e della giustizia, sconfissero le Shadows, il nemico oscuro. Dopo di ciò, per mille anni, i Minbari vissero in pace e prosperità come mai prima d'ora. Ma Valen stesso è stato irrequieto e spesso viaggiava da stella a stella, come se stesse cercando qualcosa. Anche sentendosi solo e smarrito, non era solo. C'erano gli altri che lo seguirono attraverso l'oscurità e il fuoco e mantennero la lealtà e la devozione a lui. Rashok della Casta dei Guerrieri, che sognò la morte onorevole e non riuscì a realizzarla. Nukenn della Casta Religiosa, la cui fede in Valen è morta una volta e poi è rinata nuovamente. Uno Zathras strano e cupo, misterioso in tutto tranne che nella sua devozione al One. Ramde Zarwin di Tak’Cha, esiliato per superbia e crimini terribili, commessi a nome di Valen. Virenna, rifiutata dalla propria casta e accettata da Valen, a prescindere da qualsiasi cosa e da chiunque. Sinevar, un potente guerriero, che alla fine riuscì a terminare la battaglia che aveva iniziato molto tempo prima, e pochi altri. Non tutti vissero sufficientemente a lungo per vedere quanto solo fosse stato il più grande tra i Minbari alla fine dei suoi giorni. A quel punto, Rashok era andato al mare delle stelle, Zarwin era stato esiliato molto tempo prima, Virenna accettò la morte per riacquistare il suo buon nome, e il fedele Zathras, che sembrava robusto come una macchina, morì perché era vecchio anche quando Valen era ancora giovane. Rimasero solo Nukenn e Sinevar al suo fianco. Lo seguirono nei suoi vagabondaggi, ma nessuno conosceva lo scopo di tutto ciò. Una volta, Sinevar non tornò da uno dei suoi viaggi nello spazio profondo, e Valen divenne ancora più isolato e i suoi viaggi cessarono anch'essi. Novecento anni dopo, cinque anni dopo la Fine della Guerra Earth-Minbari, l'Earthforce, appena ristabilitosi dalla terribile sconfitta, lottava disperatamente contro il caos lungo le sue linee spaziali. I gruppi di predoni erano potenti, numerosi, ben armati e ben organizzati, tali da sfidare persino l'esercito regolare. Nessun interesse politico o commerciale attraversava il settore neutro 318, distante e irrilevante. Ma molte linee commerciali popolari transitavano in questo settore, quindi non era sorprendente che giungessero rapporti sull'aumento dell'attività dei Raider nell'area. Per ripristinare l'ordine nel settore neutro 318, l'EAS Perseus, uno dei destroyer Omega-class più recenti costruiti dopo la Guerra Minbari, è stato inviato lì. Sebbene un destroyer di questa classe sia di solito in grado di trasportare due squadriglie complete di caccia, questa volta a bordo ce n'era solo una squadriglia. Il Comando Earthforce pianificò di inviare la seconda squadriglia per incontrarsi con il destroyer solo pochi giorni dopo. Il comandante Richard Kelly, veterano della Guerra Minbari di 34 anni, ricevette un incarico speciale: guidare l'Alpha Squadron in battaglia. Per tutti e tre gli anni di guerra è riuscito a evitare di vedere la warcruiser Minbari attaccante, ma l'orrore istintivo rimase da qualche parte nella sua anima per sempre…