Questo è il seguito di BALDR SKY Zero. Edward si era svegliato nel mezzo di un campo di battaglia virtuale senza alcun ricordo. Gli fu assegnata la squadra Squall, sotto il famigerato corpo mercenario Fenrir. Una volta, mentre era in missione, incontrò Marelle e la mise al sicuro, poiché era inseguita dalle forze governative. Pochi giorni dopo che si era unita a Squall, si offrì di fare squadra con lui nelle missioni. Il loro caposquadra Goodman approvò la cosa solo perché pensava che fosse divertente vedere due persone che non avevano alcun ricordo del loro passato unirsi. Ed pensò anche che sarebbe stata una buona opportunità per un 'fantasma cablato' come Marelle, che non aveva un corpo nella realtà, di avere maggiore contatto con le altre persone. Un giorno, mentre erano in missione per sostenere Kei, che era finito nei guai, si incontrarono con un essere che sembrava un mostro, ma si muoveva come un robot: il Rasayana, terzo nella lista dei più ricercati. Fu sconfitto senza mezzi termini e pensò che sarebbe stato mangiato, ma non accadde nulla. Sembrava che Rasayana li conoscesse. Chi di preciso è Rasayana e in che modo Ed e Marelle sono legati?