Baten Kaitos Origins si svolge 20 anni prima degli eventi di Baten Kaitos: Eternal Wings and the Lost Ocean. La storia segue Sagi, uno spiriter che ha una connessione con Guardian Spirits, che fanno parte del Dark Service, un'unità d'élite dell'Alfard Empire. Sagi intraprende un viaggio per ripulire il proprio name dopo essere stato incastrato e per svelare i segreti dell'impero.