Il primo vero seguito del classico originale del 1988 per Nintendo Entertainment System, Bionic Commando vede il ritorno di Nathan 'R.A.D.' Spencer, potenziato bionicamente. Il tempo non è stato clemente con Spencer: cinque anni dopo la sua eroica sconfitta contro gli Imperiali, è stato tradito dal governo che aveva giurato di servire, imprigionato per crimini che non ha commesso e condannato a morte.