Il gioco si svolge in un mondo immaginario ispirato al Giappone dello Shogunato. Il giocatore controlla Tomoe, ex capitano dello shogun che divenne un ronin dopo aver visto troppe scene di sangue e aver perso sua sorella in battaglia mentre era al servizio dello shogun. Abbandonò la sua patria, Bakugawa, e vagò per il mondo per quasi 20 anni. Con una nuova saggezza e determinazione, torna a Bakugawa per affrontare il suo passato e, scoprendo che i problemi che l'hanno costretta ad andare via continuano a permeare la terra, si impegna a portare la pace in essa. Per raggiungere i suoi obiettivi e affrontare lo shogun, deve affrontare i suoi soldati usando la sua tecnica di disarmo non letale, mentre conquista alleati tra la popolazione apatica di Bakugawa.