Voyager, la gigantesca astronave con la sua estesa storia, è tornata sulla Terra e i vecchi membri dell'equipaggio possono finalmente iniziare i loro meritati riposi. Dopo un anno di duro lavoro, la nave può finalmente essere riutilizzata. Ha molta nuova tecnologia hi-tech a bordo e, naturalmente, una nuova ciurma prenderà in mano questa nave. La loro missione è ottenere ulteriori informazioni sui Borg. Sono stati un grande nemico della Star Fleet e quindi è giunto il momento di scoprire cosa vogliano realmente fare e come possano essere fermati se i loro piani sono malvagi. Star Fleet manterrà contatti con la nave affinché possa teletrasportare l'intera nave indietro con questa nuova macchina, se necessario. Naturalmente Star Fleet deve poterli contattare, altrimenti sarebbe impossibile per loro trovare le coordinate della nave. Per questo Voyager è stata equipaggiata con la tecnologia più recente nel campo dei "contatti". Tutto sembra procedere bene. Voyager è nello spazio da alcuni mesi ed è in avvicinamento a un'area piena di Cubi Borg. Da questo punto Star Fleet e Voyager dovranno agire con cautela per evitare grossi problemi. Ma nonostante tutto... va tutto storto! All'improvviso, Star Fleet perde il contatto con la nave! Tutti nel quartier generale della Star Fleet restano scioccati e pensano al peggio che potrebbe accadere... La loro ultima possibilità sembra essere nelle mani di Duke Nukem! Quest'uomo è molto esperto e ha dimostrato di essere il miglior collega di tutta Star Fleet. Poiché non c'è tempo da perdere, il signor Joston consegna immediatamente a Duke il documento con la missione inclusa. Dopo averlo letto, Duke viene accompagnato al Sip-Beam-Room. C'è una piccola navetta che lo aspetta con cui verrà teletrasportato alle ultime coordinate note di Voyager. Il signor Joston gli dice: "Duke, tieni presente che questa missione è molto importante! Preparati a tutto. Poiché Voyager si trovava in un'area piena di Borg, presumiamo che la nave sia stata assimilata. Ovviamente non siamo sicuri, ma qualcuno deve controllare! Adesso, per quanto riguarda la navetta, ti teletrasporteremo alle ultime coordinate in cui si trovava Voyager. Probabilmente non sarà molto lontano da dove si trova ora la nave. In ogni caso, una volta arrivato lì dovrai spostarti da solo verso la Nave Borg." Duke: "Perché non potete mandarmi sulla nave proprio adesso?" Il signor Joston: "Come ho appena detto... non sappiamo le coordinate di dove si trovi la nave in questo momento... se prendessimo una lunga puntata, potresti finire nello spazio e credimi, non vuoi che ciò accada. In ogni caso, una volta lì, per favore prova a contattarci riferendo cosa non va." Duke: "E se non riesco a contattarvi?" Il signor Joston: "Beh, allora noi mmm... ehe... beh." Duke: "Penso di avere abbastanza, mandatemi lì. Tutti vivono una volta sola, e Hugh, non ho visto il mio nome nei 'Hero-Books' così spesso finora, quindi questa sarebbe la mia occasione per entrarci. Hugh, Hugh." Il signor Joston: "Questo uomo è pazzo! Sono così felice che voglia farlo per noi! Spero che riuscirà a far ripartire questa missione. È, per così dire, la nostra missione più importante, quindi…" "Ok, Mr. Nukem, qui si va." Cinture di sicurezza? Controllo Armi? Controllo, non me ne frega nulla, fallo e basta ok?! Beh, va bene allora Mr. Nukem. E il viaggio ha inizio.. Qualche secondo dopo Duke è lì e si sente davvero spaventato quando vede tutte queste cose verdi a forma di cubo. Dopo aver guardato intorno, Duke preme il pulsante "Weapon Box" nel menu Lcars per equipaggiarsi. Stranamente la Weapon Box sembra essere scomparsa! I problemi per il nostro eroe iniziano proprio qui…