La trama riprende esattamente da dove si era interrotta la conclusione canonica degli Alleati in Red Alert 2. Mentre gli Alleati si concentravano sul riconquistare territori e sul respingere le forze fedeli all'ex Primo Ministro Sovietico Romanov, il consigliere di quest'ultimo, Yuri, ha segretamente messo su un proprio esercito, usando la sua immensa conoscenza della psionica e delle mutazioni genetiche. Mentre Yuri annuncia la sua presenza e i suoi piani, una rete globale di dispositivi chiamati dominatori psionici entra in funzione nel tentativo di schiavizzare l'intero mondo. Il presidente americano Dugan ordina un attacco aereo per distruggere uno di questi dispositivi sull'isola di Alcatraz e, sebbene l'attacco fallisca, un Harrier schiantatosi danneggia l'alimentazione del dispositivo. Mentre tutti gli altri dominatori psionici si attivano, gli Alleati cercano di azionare una macchina del tempo per impedire che questi eventi si verifichino. A questo punto della storia, il giocatore deve scegliere se schierarsi con gli Alleati, o unirsi ai Sovieti e rubare la macchina del tempo per sconfiggere anche Yuri, ma al contempo riportare al potere l'Unione Sovietica. L'esercito di Yuri non ottiene una campagna per giocatore singolo, la prima e unica volta in una serie in cui una fazione giocabile non riceve contenuti per la modalità singleplayer.