Command & Conquer: Red Alert 3 è ambientato in una realtà alternativa della Seconda Guerra Mondiale, in cui gli Alleati Occidentali hanno combattuto l'Unione Sovietica. In Red Alert 3 la leadership sovietica, di fronte alla sconfitta, torna indietro nel tempo per uccidere Albert Einstein e impedire la sua assistenza agli alleati, aprendo la strada alla dominazione sovietica nel presente. Tuttavia, come conseguenza non intenzionale, viene creata una terza potenza mondiale, l'Empire of the Rising Sun, e tutte e tre le parti entrano in guerra.