La storia di Renegade si svolge durante gli ultimi giorni della Prima Guerra del Tiberium, originariamente descritta in Command & Conquer. I tre principali esperti di ricerca sul Tiberium della GDI sono stati rapiti dalla Fratellanza di Nod. Il giocatore assume il ruolo del commando della GDI, il capitano Nick "Havoc" Parker, incaricato di salvare questi esperti. Esegue missioni che lo portano in tutto il mondo, in vari paesi e climi, sia al chiuso che all'aperto, e le sue azioni influenzano notevolmente l'attuale stato della guerra. Man mano che il gioco progredisce, si scopre che gli esperti sono stati costretti a intraprendere ricerche di biochimica per il progetto segreto "Project Re-Genesis" della Fratellanza, un tentativo di creare supersoldati geneticamente potenziati con l'aiuto del Tiberium. Mentre il giocatore affronta una missione, l'EVA in-game, o Electronic Video Assistance, si aggiorna periodicamente con gli obiettivi della missione. L'EVA registra e aggiorna tutti gli obiettivi e il loro stato attuale. Gli obiettivi sono classificati in tre categorie: primari, secondari e terziari. Il completamento degli obiettivi primari è cruciale per il successo di quella missione. Gli obiettivi secondari non sono necessari per il completamento della missione, ma possono aiutare nel gioco. Le missioni terziarie, che di solito sono nascoste, non forniscono molto aiuto al gioco, ma influenzeranno la tua classifica finale alla fine di ogni missione.