Mescolando elementi sia di giochi di commercio che di strategia, Commander: Conquest of the Americas attirerà un vasto pubblico di giocatori. I giocatori prendono in mano una delle numerose potenze europee che mirano a conquistare il Nuovo Mondo. A partire dal XVI secolo, i giocatori possono scegliere tra molte nazioni diverse, ciascuna con i propri punti di forza e debolezze. Fondare nuove colonie e farle prosperare è la chiave del successo. Per raggiungere questo obiettivo, i giocatori devono gestire e ottimizzare risorse e produzione nelle loro colonie, prima di trasportare i beni verso altre colonie o verso l'Europa. Le potenze rivali e i nativi americani possono rivelarsi alleati o nemici, a seconda delle decisioni dei giocatori. Le flotte ostili si affrontano a livello tattico estremamente dettagliato. I giocatori possono comandare le proprie navi in stile RTS oppure prendere il controllo diretto delle navi.