È la fine del trentesimo secolo. L'umanità sta raggiungendo anche Andromeda, ma gli esseri meccanizzati che l'umanità ha creato diventano ribelli e conquistano i loro creatori, schiavizzando l'umanità. Quelli che non vogliono sopportare il loro controllo sono fuggiti dalla Terra. Zero è uno di questi uomini. È un comandante della Flotta Indipendente, ciò che resta delle forze armate della Terra. La guerra contro gli umanoidi lo ha lasciato senza famiglia e ora la sua unica motivazione è combattere gli uomini meccanici, ma riceve un ordine dal comandante supremo: dare la caccia a un pirata dello spazio chiamato Captain Harlock, che si dice sia alleato degli uomini meccanici. Zero affronta una situazione difficile, poiché Harlock era colui che lo aveva addestrato e lui attacca solo le navi degli uomini meccanici. Determinato a trovare la verità, Zero accetta la missione. Dopo che la sua moglie e suo figlio sono scomparsi durante la battaglia tra gli umani e gli uomini meccanici, Zero non ha altra scelta che servire il governo della Terra come capitano di navi di seconda linea. Dopo aver ricevuto un segnale SOS, Zero incontra presto Harlock che fa esplodere diverse navi cargo e distrugge anche la nave di Zero. Dopo essere tornato sulla Terra, a Zero viene affidato un nuovo incarico: dare la caccia al pirata spaziale Harlock insieme al suo nuovo equipaggio di uomini meccanici e umani sulla sua vecchia nave, la Karyu. Zero si trova spesso ad affrontare problemi tra gli uomini meccanici e gli umani sulla sua nave, che sembrano sempre litigare tra loro, causando spesso problemi. Dopo aver incontrato Harlock, Zero nutre una maggiore ammirazione nei suoi confronti e continua a credere in lui anche dopo averlo visto attaccare civili. Più avanti nella serie, Zero e la sua prima ufficiale Marina Oki sviluppano sentimenti reciproci e finiscono per innamorarsi.