Sei uno dei ribelli umani (Frank Harrison), che si trova attualmente nel suo rifugio fuori dalla Città 17. Ti svegli perché la Cittadella è esplosa, causata dal noto Dr. Freeman con l’assistenza di Alyx, la figlia di Eli Vance. L’evacuazione della Città 17 è iniziata e tu sei troppo vicino alla città. Non hai scelta e devi lasciare la tua casa, per farti strada fino alla Città 17 e unirti al treno di evacuazione. Nella casa ci sono alcune risorse, ma non dimenticare la tua tuta HEV e vai. Il gioco è ambientato nell’epoca di Half-Life 2 e dei suoi episodi (cioè l’esplosione della Cittadella, lo schianto del treno Stalker della Combine in EP1 e l’auto di EP2).