Dark Earth si svolge diversi secoli nel futuro, quando una collisione meteorica con la Terra sollevò grandi nubi di polvere che oscurarono il sole. I superstiti rimasti sulla Terra cominciarono a cercare rifugio sotto piccoli varchi nelle nuvole, i pochi luoghi dove si poteva trovare luce. Coloro che rimanevano nella 'dark earth' venivano braccati da strane creature infette dall'oscurità. Per rifugiarsi dal pericoloso 'dark earth', la gente iniziò a formare città sotto la luce chiamate 'Stallites'. All'epoca del gioco, la maggior parte dei cittadini delle Stallites ha dimenticato la propria storia e ora adora la luce come un dio. Le Stallites sono gestite dai 'Sun Priests', che mantengono l'ordine e impediscono alle creature dell'oscurità di nuocere alla città. Il gioco segue la storia di Arkhan, un 'guardiano del fuoco', protettore della Stallite 'Sparta' e dei 'Sun Priests'. Dopo un attacco ai 'Sun Priests', ad Arkhan viene spruzzato in faccia un veleno che inizia a infettarlo con la malattia oscura. Inizia a mutare in una creatura dell'oscurità e deve trovare una cura prima che la sua trasformazione sia completa. Nel frattempo, viene trattato come nemico dalla maggior parte dei suoi ex amici mentre cerca di svelare la cospirazione dietro l'attacco.