La campagna inizia quando al giocatore viene affidato un feudo, concesso dall'Imperatore, nell'Occident. L'Imperatore è malato e il Lord Richard Northburgh, cugino e tesoriere dell'Imperatore, sta costruendo una magnifica cattedrale per pregare per la salute dell'Imperatore. Nel frattempo, il Cardinale Lucius sta preparando una crociata contro i Saraceni dell'Oriente, assistito da Guy Forcas. Nei primi capitoli della campagna, il giocatore apprende le basi del gameplay e dell'economia aiutando Northburgh e Forcas con compiti di approvvigionamento e costruzione, oltre a incontrare alcuni degli altri protagonisti. Quando le navi crociate lasciano il porto, Northburgh inizia a scoprire indizi su una trama misteriosa. Lui e il giocatore si recano nell'Oriente e diventano amici del Gran Vizir del Sultano, Al Zahir, che aiuta il giocatore a sconfiggere una banda di corsari e a smantellare uno schema di tratta di minori. La trama si infittisce man mano che ulteriori indizi rivelano che un personaggio principale è implicato in una sinistra cospirazione per rovesciare lo stesso Imperatore. Perché si avvicina troppo alla verità, Lord Northburgh viene catturato e al giocatore viene affidato il compito di svelare il mistero. Nei capitoli successivi, il giocatore deve conquistare nuove alleanze, convincere i capi della crociata che stanno venendo manipolati sotto false pretese e sopravvivere a circostanze drammatiche al fine di sconfiggere i cattivi e riportare l'Imperatore al suo legittimo posto. La campagna è divisa in otto capitoli e ogni capitolo può essere giocato su tre differenti livelli di difficoltà: facile, medio e difficile. Oltre agli elementi della storia, la campagna funge da tutorial per preparare il giocatore a scenari più rigorosi e alle modalità di gioco continue. Tutti i protagonisti incontrati nella campagna compaiono anche nella modalità scenari e possono essere selezionati come avversari controllati dal computer in partite continue, sebbene le azioni dei personaggi durante la campagna non siano correlate alle loro azioni in queste modalità, a parte per avere personalità simili. Lord Northburgh e Al Zahir agiscono come mentori e partner commerciali nelle altre modalità, proprio come avviene nella campagna.