Nell'anno 2445, una razza di alieni acquatici ostili arriva sulla Terra. Una delle loro navi si trova sul fondo dell'Oceano Pacifico, innalzando costantemente i livelli del mare per 5 anni, finché quasi l'88% della superficie non risulta sommerso. Per combattere efficacemente gli alieni, la fittizia Earth Ocean Alliance sviluppa gli "Hydras", sottomarini da combattimento monoposto. Il giocatore assume il ruolo dell'ultimo pilota di caccia rimasto. L'obiettivo è attraversare i mari infestati dagli alieni e respingere i bersagli a sufficienza per completare le missioni.