Earthworm Jim viene colpito da una mucca volante che lo manda in coma. Jim si risveglia nel proprio subconscio e scopre di essere impazzito. I suoi vecchi antagonisti sono entrati nel suo subconscio e se non accade qualcosa al più presto, Jim rimarrà in coma per sempre. Il suo super-io è stato scatenato all'interno del suo subconscio per fermare la follia. Per ritrovare la sua sanità mentale deve trovare i Golden Udders della lucidità. Quando Jim entra nel suo subconscio, scopre che i suoi quattro camere mentali sono state prese dal controllo delle sue peggiori paure. Deve raccogliere i Golden Udders per sbloccare le altre tre camere e Green Marbles per sbloccare i livelli all'interno della camera. Jim sconfigge quattro antagonisti che hanno preso il controllo delle sue camere mentali, e infine affronta la personificazione del suo trauma: Earthworm Kim.