Evil Genius si concentra sulla costruzione di un covo sull'isola e sulla gestione dei servitori impiegati dall'Evil Genius, consentendo al giocatore di progredire nella trama principale con l'obiettivo finale di conquistare il dominio mondiale. Anche se non esplicitamente dichiarato, l'uso di regioni storiche come il Blocco Orientale e eventi quali la Crisi dei missili di Cuba all'interno del gioco suggerisce che sia ambientato negli anni Sessanta e Settanta e che il gioco stia progredendo attraverso una linea temporale alternativa.