Nel giorno del compleanno di sua sorella, il villaggio di Oakvale, dove vive un giovane ragazzo, viene saccheggiato dai briganti e la sua intera famiglia viene uccisa. Un vecchio Eroe, Maze, salva il ragazzo, vedendo in lui un grande potenziale; Maze allena il ragazzo a diventare un Eroe presso la Gilda degli Eroi. Anni passano; dopo aver affinato le sue abilità, Maze informa l'Eroe di una veggente cieca che vive tra un accampamento di banditi vicino a Oakvale, e gli consiglia di infiltrarsi nell'accampamento dei banditi. Con sua grande sorpresa, la veggente cieca è in realtà sua sorella maggiore Theresa, che era stata presa in custodia da Twinblade, un ex Eroe e attuale Re dei Banditi. Dopo uno scontro con Twinblade, all'Eroe viene data la scelta di uccidere o risparmiare il bandito. Più avanti nella vita dell'Eroe, dopo aver ottenuto maggiore riconoscimento tra gli abitanti di Albion, viene invitato a combattere nell'Arena, dove incontra il leggendario Eroe chiamato Jack of Blades, che gestisce i combattimenti dell'arena. Come ultima sfida, Jack mette l'Eroe contro il suo rivale, che una volta fu anche suo amico d'infanzia/compagno di stanza nella Gilda — Whisper; quando l'Eroe la sconfigge può ucciderla o risparmiarla. L'Eroe scopre che Jack of Blades stesso distrusse Oakvale durante l'infanzia dell'Eroe; con l'aiuto di Theresa, l'Eroe scopre che sua madre è viva nella Prigione Bargate. L'Eroe viene catturato nel tentativo di salvataggio e trascorre un anno o più in prigione prima di fuggire finalmente. Maze si rivela essere un traditore e sta collaborando con Jack. Maze rapisce Theresa. Dopo aver sconfitto Maze, l'Eroe viene condotto in uno scontro finale con Jack in cui sua madre viene uccisa. Jack rivela che la Spada degli Aeoni può essere brandita solo se riceve il sangue di Archon. Si dice che la Spada degli Aeoni sia una spada di distruzione estremamente potente. Alla morte della loro madre, l'Eroe e Theresa sono gli unici due discendenti rimanenti di Archon, e se Jack li distrugge entrambi la spada diventerà ancora più potente. Dopo aver sconfitto Jack, l'Eroe deve scegliere se tenere la Spada degli Aeoni uccidendo sua sorella, o gettarla via per sempre in un portale creato dalla morte di Jack of Blades. A seconda dell'allineamento dell'Eroe e della scelta del giocatore di usare o distruggere la spada, ci sono in totale quattro finali differenti. Una volta che scorrono i titoli di coda, i giocatori possono riprendere i propri giochi. Nella versione speciale The Lost Chapters, la storia continua. Dopo la sconfitta di Jack, l'Eroe deve trovare una via verso le Northern Wastes per aiutare un eroe leggendario chiamato Scythe a fermare il ritorno di una grande minaccia sconosciuta. Se l'Eroe avrà rinunciato alla Spada degli Aeoni, avrà l'opportunità di ottenere la spada "Avo's Tear", una spada dal design simile e potenza uguale ma che possiede un allineamento luminoso piuttosto che oscuro. Avo è detto essere un dio che rappresenta l'allineamento della luce. Dopo una serie di missioni legate a questa nuova minaccia, si scopre che Jack of Blades è tornato. Egli deve quindi sconfiggere Jack of Blades una seconda volta, Jack essendo tornato in vita sotto forma di drago. Alla morte di Jack, l'Eroe usa quindi la maschera di Jack per catturare l'anima di Jack, con Scythe che gli dice che la battaglia non è finita e che deve distruggere la maschera. L'Eroe ha quindi la scelta finale di indossare la maschera — potendosi lasciar consumare da Jack nel processo — o distruggerla, insieme a Jack, per sempre.