La Guerra del Santo Graal è un rituale svolto nella Città di Fuyuki dai maghi che mirano a raggiungere la Radice. Sette maghi, noti come Maestri, si riuniscono per contendersi il possesso del Santo Graal, che possiede il potere di esaudire qualunque desiderio del suo possessore. Combattono contro altri Maestri per la supremazia evocando Spiriti Eroici, noti come Servitori, richiamati dal Santo Graal. Tuttavia, nel corso delle ultime quattro Guerre del Santo Graal, la storia non ha ancora visto un singolo vincitore. Durante la Quarta Guerra del Santo Graal, dieci anni fa, Shirou Emiya fu salvato dalle fiamme della guerra dal mago autoproclamato Kiritsugu Emiya. Il giovane Shirou cominciò a vivere con Kiritsugu e chiese costantemente istruzioni nell'arte magica, con grande disapprovazione del mago. Nella notte precedente la morte di Kiritsugu, Shirou promise al padre adottivo che sarebbe diventato un Eroe della Giustizia. Portando avanti al presente. In una serata tranquilla, Shirou si ritrova coinvolto nella Guerra del Santo Graal e viene assalito da un Servitore. Proprio quando il bagliore dell'acciaio minaccia di togliergli la vita, una ragazza rivestita da armatura da cavaliere appare per fermare l'attacco fatale. Il Servitore, che venne in soccorso del presunto Eroe della Giustizia, e il Maestro, salvato dallo Spirito Eroico della Spada; i loro destini sono in movimento...