Il gioco si svolge nell'anno 2225 d.C., sul remoto mondo Ruhelen nel sistema stellare Omicron Reticuli. Questo pianeta è stato un territorio conteso tra i Darken, Union, Mercs e gli Scorp, che sono la maggiore minaccia per l'Union. La scoperta del vicino sistema stellare Phygos ricco di minerali ha sconvolto l'equilibrio strategico precario delle quattro razze, portando alla speculazione di una guerra inevitabile. Il giocatore assume il ruolo dello Sergente Joshua Gant, ex-operativo della Union Intelligence Agency (UIA), che negli ultimi dieci anni ha vissuto terrificanti incubi derivanti da una missione che ha causato la perdita del suo miglior amico e compagno, Ron Pearl. A seguito di uno degli incubi di Gant, lo sgt viene contattato dal direttore UIA Generale Allance Wilkins, che lo reintegra immediatamente per una missione di massima importanza. Secondo Wilkins, gli Scorp hanno condotto esperimenti top-secret di guerra biologica su prigionieri di guerra umani, al fine di creare un mutato super-soldato chiamato lo "G-Nome". Gant è incaricato di eliminare il G-Nome e di distruggere l'impianto degli Scorp che ospita gli esperimenti. Per assistenza, a Gant viene assegnato un team che comprende il suo vecchio amico ed esperto di munizioni, il Sergente Stephen Kylie, la genetista più affermata dell'Union, la Dottoressa Victoria Thane, e un ultimo membro del team ancora non divulgato che opera all'interno del territorio degli Scorp. Gant inizia la sua missione attraversando a piedi la Darken Republic e neutralizzando strategicamente ogni opposizione che ostacoli il suo obiettivo di incontrarsi con Kylie. Riuniti ancora una volta, i due si avventurano attraverso il territorio dei Merc per incontrare Thane, che era in una missione separata. In base alla decisione di Wilkins, Thane identifica una tecnologia Merc specializzata conservata in una struttura facilitata chiamata Citadel, situata su una mesa chiamata Caracon, come mezzo per neutralizzare il G-Nome. Dopo aver acquisito la tecnologia, il team dirige verso il territorio degli Scorp. Gant e il suo team aggirano la frontiera Scorp pesantemente difesa, dove gli viene presentato l'ultimo membro del team: il Maggiore Jack Sheridan, uno specialista Scorp e l'uomo responsabile della perdita di Pearl dieci anni prima. Dopo diverse schermaglie precarie volte a ottenere veicoli Scorp per aggirare le mine e imparare la posizione del laboratorio della G-Nome, Sheridan conduce direttamente il team al laboratorio. Tuttavia la missione viene compromessa quando Sheridan tenta di uccidere Gant, cattura la G-Nome e permette che Kylie venga catturata dalle rinforze Scorp. Tuttavia poco dopo, gli Scorp si alleano con Gant, riconoscendo Sheridan e il G-Nome come una minaccia maggiore. Gli Scorp e l'UIA si rendono conto che Sheridan possiede un laboratorio di ricombinazione genetica situato all'interno della Shalten Frontier vulcanica, dove non solo è supportato da un esercito considerevole, ma intende clonare il G-Nome. [6] Dopo aver ottenuto rinforzi da Wilkins e una grande confrontazione presso l'impianto segreto, Sheridan uccide Kylie subito dopo che Gant distrugge il laboratorio. Mentre l'Union conclude le forze di Sheridan, Gant dà la caccia a Sheridan, con il G-Nome al seguito. Gant disattiva i potenti veicoli di Sheridan e lo uccide. Gant affronta e sopprime il G-Nome e, esaminando un marchio sulla sua zampa, scopre che Pearl era il G-Nome. In un atto di misericordia, Gant permette a Pearl di sopravvivere e gli ordina di fuggire prima dell'arrivo delle forze dell'Union. Il G-Nome viene visto dirigersi verso il tramonto durante i titoli di coda del gioco. Mentre le forze di Sheridan sono sconfitte, Wilkins rovista tra i resti del laboratorio di ricombinazione e trova una piastra di coltura etichettata "G-NOME: PEARL". Wilkins afferra la piastra e se ne va. A seguito di ciò gli Scorp dichiarano guerra all'Union, in rappresaglia per la missione. Vengono trapelate notizie su un'operazione segreta dell'Union volta a distruggere l'impianto G-Nome degli Scorp, ma tali notizie vengono negate sia dall'Union che dagli Scorp, mentre Wilkins si dimette inaspettatamente, alimentando speculazioni pubbliche secondo cui l'operazione presunta sia fallita.