L'anno è il 2525. È un tempo di guerra. Mentre Bacterian continuava ad attaccare il pianeta Terra, l'umanità si affidò disperatamente a un nuovo tipo di arma biologica aliena per aiutarli, lo 'Bydo'. Sebbene lo 'Bydo' avesse contribuito a vincere la battaglia contro Bacterian, divenne presto troppo intelligente e troppo potente per restare sotto il controllo della Terra, voltando le spalle ai suoi creatori. Presto Bacterian venne a sapere di ciò e convinse lo 'Bydo' ad unirsi a loro contro la Terra. Insieme, le forze di Bydo e Bacterian — d'ora in poi note come 'Byderian' — avrebbero distrutto l'universo! Tuttavia, prima che ciò potesse avverarsi, la Terra usò armi sperimentali per scacciare i nuovi eserciti unificati fuori da questa dimensione. Sfortunatamente, non tutto andò bene. Da qualche parte laggiù, Byderian continua a imparare, a evolversi, a tramare e pianificare... Da qualche parte nel lontano passato del 2219... la Terra è di nuovo assediata, ed è compito di una piccola squadriglia di coraggiosi piloti fermare questa nuova minaccia di Byderian prima che possano realizzare i loro malvagi propositi...