Ghost of a Tale si svolge in un mondo medievale abitato da diverse specie di animali antropomorfi, molti dei quali hanno il proprio regno: la lore comprende topi, ratti, rane, granchi, tassi, falchi, ragni, sanguisughe, gazze e diverse non morti. Il gioco è ambientato secoli dopo un evento catastrofico noto come la Guerra della Fiamma Verde. Durante questo periodo, una misteriosa palla di fuoco smeraldo di origine sconosciuta attraversò il mondo, uccidendo chiunque vi si opponesse e sollevando i loro corpi in un esercito di non morti sempre più numeroso. All'apice del conflitto, il regno dei topi inviò un ambasciatore verso la fiamma nel tentativo di salvare la loro casa rivelando le debolezze degli altri, ma l'essere non poté essere ragionato e distrusse la maggior parte della loro terra. Alla fine, fu l'esercito dei ratti a sollevarsi per sconfiggere finalmente l'entità, diventando gli eroi della guerra ed espellendo i topi dall'organo di governo della terra per sempre per la loro perfidia. Centinaia di anni dopo, la storia esatta di questi eventi è diventata offuscata dal tempo, con l'unico racconto vero custodito nelle tradizioni orali di un gruppo di gazze chiamato i Truth Sayers, che vivono in una torre su una antica isola. All'inizio del gioco, Tilo mouse viene gettato in una prigione dai ratti: deve fuggire dalla sua prigione e dalle terre circostanti. I numerosi avversari che Tilo affronta sono molto più forti di lui: il coraggioso topo dovrà essere intelligente, furtivo e agile per avere successo!