La terza parte si apre con Nameless Hero e i suoi amici che navigano verso un nuovo continente invaso dagli orchi, arrivando in Myrtana, la regione centrale del continente. L'eroe ha perso tutto l'equipaggiamento del gioco precedente quando la sua nave viene rubata mentre è a terra con Milten, Diego, Gorn e Lester. Si presume che questa sia la fonte dell'invasione di orchi scatenata su Khorinis durante il secondo capitolo. Questi territori non hanno alcuna connessione fisica con Khorinis né con le rovine della colonia penale. In queste foreste montuose gli orchi hanno schiavizzato il regno umano, lasciando solo pochi umani liberi che vivono nelle quasi inabitabili lande settentrionali ghiacciate di Nordmar e nel deserto meridionale di Varant. L'eroe deve decidere se unirsi alla ribellione e rimanere fedele al re umano deposto, servire gli usurpatori orchi nel loro tentativo di rovesciare l'ultima roccaforte umana rimasta o scegliere un percorso che serva i propri fini. Nel corso della storia, è accompagnato da un certo numero di PNJ, alcuni dei quali sono vecchi amici. Pur introducendo in questo capitolo amici dal titolo precedente (Xardas, Diego, Milten, Gorn, Lester, Lee e Vatras), presenta anche due nuovi personaggi principali: Re Rhobar II (che in ultima istanza fu responsabile dell'invio di Nameless Hero alla colonia penale nel primo gioco) e Zuben. Mentre il re ha un passato da leader audace, ora si trova di fronte a una sconfitta quasi certa; la sua fama è in declino. Zuben guida gli Hashishin che abitano la regione meridionale di Varant.