Nella Modalità RPG, Granblue Fantasy: Versus propone una storia autonoma in cui i giocatori intraprendono un viaggio visitando i luoghi presenti all'interno del videogioco di combattimento. Il giocatore prende il controllo di Gran e della sua compagnia per combattere altri personaggi di rilievo all'interno dell'universo Granblue Fantasy visitando varie isole e svelando la forza misteriosa che circonda la violenza e il caos che ne deriva attraverso le missioni. Inoltre, oltre a incontrare il cast principale di personaggi, al giocatore vengono presentati anche i loro retroscena e le relazioni esistenti con gli altri personaggi. In un mondo in cui gli avventurieri solcano i cieli a bordo di aeronavi, e le isole fluttuanti dei Skydoms guidano il loro cammino, la Grandcypher—un'aeronave di grandi proporzioni—intraprende un magnifico viaggio, attraversando le isole e raccogliendo un vero esercito di mercenari, cavalieri e maghi lungo la strada… Tuttavia, questi eroi del cielo intraprenderanno presto una nuova avventura, dove battaglia e gloria attendono!