All'inizio del gioco, viene mostrato un gigante di pietra che infonde vita — the Breath — in un altro gigante, morto. Il giocatore, una piccola buca nera, che in seguito verrà chiamato Spiral Heart, si forma spontaneamente in profondità all'interno di una caverna, la Weeping Cavity, e si crea un corpo umanoide di pietra. All'interno della Weeping Cavity, Spiral Heart incontra numerosi esseri parzialmente formati, i Stoneborn, che non sono stati toccati completamente dal Breath. Uno di loro, Yon, inizia ad assistere Spiral Heart, impressionato dalle sue proporzioni perfette. Con l'aiuto di Yon, Spiral Heart riesce a farsi strada fuori dalla Weeping Cavity, e attraversa un deserto per raggiungere finalmente il Worldpillar.