Ground Control è ambientato nel XXV secolo. L'umanità è emersa dalla devastazione della Terza Guerra Mondiale (conosciuta nel gioco come "The Sixteen-minutes War", che ha quasi spazzato via tutta l'umanità) e è riuscita a colonizzare diversi pianeti in tutta la galassia. La Terra è governata da un consiglio chiamato GCC (Global Central Command) formato da rappresentanti eletti e rappresentanti delle mega-corporazioni che sono salite al potere dopo la caduta delle nazioni Terran. La trama del gioco ruota attorno al conflitto tra Crayven Corporation e l'Order of the New Dawn per la possessione del lontano mondo di Krig 7-B. All'inizio del gioco, il giocatore assume il ruolo del Maggiore Sarah Parker della Crayven Corporation mentre guida le forze Crayven per eliminare la presenza dei "Dawnies" (suo soprannome dispregiativo riferito ai seguaci dell'Order). Nella seconda campagna, il giocatore prende il controllo di Deacon Jarred Stone nel suo tentativo di scacciare i "Crays" dalla superficie di Krig 7-B. Nel corso della campagna, tuttavia, entrambi i personaggi svelano un oscuro segreto nascosto nelle profondità del pianeta, un segreto che minaccia tutta l'umanità, e si rivela essere la ragione di tanto interesse per quello che sembra essere un mondo periferico desolato.