La storia del gioco si sviluppa principalmente attraverso una serie di sette campagne giocabili, tutte ambientate sul continente di Antagarich. Durante le campagne, la storia è narrata da punti di vista alternati, offrendo ai giocatori l'opportunità di giocare come ognuno degli allineamenti delle città. In seguito alla scomparsa del re Roland Ironfist di Enroth, avvenuta prima di Might and Magic VI: The Mandate of Heaven, sua moglie, la regina Catherine, è lasciata a governare il regno. Nel frattempo, suo padre, re Gryphonheart di Erathia, viene assassinato. Senza il loro amato re, il regno di Erathia cade nelle mani delle forze oscure di Nighon ed Eeofol. La regina Catherine torna a casa ad Antagarich, cercando di riunire il popolo della sua terra natale e di condurlo contro il male che ha devastato la loro nazione. La capitale di Erathia, Steadwick, viene saccheggiata dai signori del dungeon di Nighon e dai Kreegans di Eeofol. Nel frattempo, le nazioni di Tatalia e Krewlod si scontrano al confine occidentale, cogliendo l'opportunità per espandere i propri territori. La prima missione di Catherine è stabilire una base nel regno conquistato chiedendo l'aiuto di alleati. I maghi di Bracada e gli elfi di AvLee rispondono al suo appello, e insieme si dirigono verso Steadwick per riconquistarla, sedando rapidamente la guerra di confine nell'ovest. Poco dopo, Lucifer Kreegan, un comandante delle armate di Eeofol, invia un inviato in Erathia, affermando che Roland Ironfist è tenuto prigioniero all'interno dei loro territori. AvLee invade Eeofol, ma non riesce a salvare Roland, che viene trasferito nelle loro regioni settentrionali. Successivamente, Catherine invade Nighon, costringendo le armate del dungeon a rientrare sulle loro isole di provenienza. Nel frattempo, i necromanti di Deyja, responsabili dell'assassinio del re Gryphonheart, tramano di riportare in vita il suo cadavere come lich. Intendono usare la sua saggezza per guidare i propri eserciti di non morti. Tuttavia la volontà del re Gryphonheart si dimostra troppo forte anche nel suo stato corrotto, e egli diventa un lich fuorilegge. Con pochi altri mezzi a disposizione, la regina Catherine è costretta ad allearsi con i necromanti e insieme partono per distruggere il lich di re Gryphonheart prima che diventi troppo potente. Una campagna bonus finale, accessibile solo dopo che le campagne principali sono state completate, racconta la storia di separatisti che vivono nelle Contested Lands, una frontiera devastata dalla guerra tra Erathia e AvLee. Si allude inoltre che questa rivolta sia stata orchestrata da Archibald Ironfist, l'antagonista di Heroes of Might and Magic II.