La storia continua qualche tempo dopo quella di Heroes of Might and Magic V. La regina Isabel è tornata nel suo impero, ma la gente parla di una regina cambiata, non la stessa che era andata a Sheogh. Freyda, la figlia di Godric, è inviata per fermare i "ribelli", come li chiama la regina Isabel. Freyda ha il compito di recuperare il giovane principe Andrei, e viene inviata in una caccia alla casa dei nani, Tor-Hrall. Lì, Laszlo, l'alleato di Freyda, attacca i nani mentre Freyda è al consiglio con loro. Tuttavia, per il buon cuore di Wulfstan, Freyda viene lasciata libera. Da questo momento, Freyda non combatte più per la sua regina. Scopre che suo padre è stato rapito e convoca l'aiuto di Duncan, che l'assiste nell'ottenere un vascello per trasportarla in sicurezza nell'impero.
L'attacco a Tor-Hrall lascia i nani leggermente scossi. Wulfstan e suo fratello Rolf hanno opinioni contrastanti, e quindi Rolf si allea con la Regina Isabel, mentre Wulfstan combatte le proprie battaglie. A seguito di questa lotta civile, Wulfstan finisce per affrontare molti nani, tuttavia molti di questi nani tendono ad accorrere in suo aiuto dopo aver realizzato i propri errori. Di conseguenza, l'influenza di Wulfstan tra i nani cresce. Alla fine Wulfstan si allea con il suo amico Duncan e insieme escogitano una distrazione per garantire la sicurezza del viaggio di Freyda. La città di Tor-Hrall è ora riconquistata a nome di Wulfstan. Poco dopo, Laszlo viene ucciso.
Ylaya è una Custode della Legge e le viene detto dalla Figlia di Malassa di scoprire quali rituali vengono praticati dal clan Soulscar che non tengono conto di Malassa stessa. Quando Ylaya viene scoperta, scappa e cerca colui che è stato lontano per molti mesi — Raelag. Lo trova con Isabel e scopre che questa Isabel è la vera Isabel e che la Regina è in realtà la succuba Biara, che è stata già risparmiata in diverse occasioni. Dopo aver stretto un'alleanza con Black Dragons, Ylaya abbatte una gran parte del clan Soulscar, e i clan degli Elfi Oscuri possono così restare temporaneamente in pace. Finché quella pace dura, Ylaya e Raelag hanno un nemico in meno. Prima della battaglia finale, Raelag si separa dal gruppo per fare qualcosa che aiuterà la guerra. Ylaya, Freyda, Duncan, Wulfstan e Isabel si riuniscono e uniscono le forze per catturare Tor-Hrall una volta per tutte. Il re Tolghar viene ucciso durante la battaglia e le forze dell'Impero si ritirano. Dopo la battaglia culminante, si scopre che l'Arcivescovo Alaric servirà ancora Biara. Raelag viene visto parlare con Tieru riguardo a qualcosa nell'est, e si presume che questo sia un riferimento diretto agli Orchi, che sono introdotti in Tribes of the East.
