Hidden and Dangerous 2, come il suo predecessore, si concentra sul British Special Air Service durante la Seconda Guerra Mondiale. Segue lo stesso concetto del gioco originale, uno sparatutto tattico in prima e terza persona. Il motore LS3D del gioco è stato utilizzato dal gioco Mafia. Elementi di gameplay come i comandi vocali, la pianificazione o il controllo della mappa in tempo reale, l'uso dei veicoli, la selezione dell'equipaggiamento e la meccanica in prima persona sono stati notevolmente migliorati rispetto all'originale. La possibilità di prendere prigionieri di guerra (POW) ha introdotto opzioni di stealth potenziate per il giocatore, tra cui l'acquisizione di uniformi nemiche. I tipi di missione includono spionaggio, sabotaggio, ricerca e distruzione, liberazione di città, salvataggio di prigionieri, recupero di ufficiali nemici e documenti, assistenza ai partigiani e assassinio. La varietà di ambientazioni include Norvegia, Libia, un fiordo norvegese, Birmania, Austria, Francia e Cecoslovacchia. L'espansione Sabre Squadron aggiunge missioni in Francia, Libia e Sicilia. Alcune delle missioni sono modellate su vere imprese del SAS. Tuttavia la maggior parte del gioco prende libertà rispetto al tempo storico e al luogo delle operazioni del SAS. Le missioni si basano su gameplay in stile sandbox, in cui i giocatori sono liberi di vagare per una mappa e di perseguire gli obiettivi solitamente a proprio piacimento e in base all'ordine di esecuzione scelto. Una meccanica di strategia in tempo reale permette inoltre ai giocatori di controllare gli eventi per manovre tattiche di sequenza predisposte o tramite un comando dall'alto in tempo reale.