La trama pre-gioco nel gioco non viene rivelata direttamente durante il gameplay. La trama viene rivelata solo dalle battute dei compagni del protagonista. Tuttavia, il gioco dispone di uno strumento chiamato 'rete neurale', con cui non solo è possibile apprendere la storia di fondo, ma anche informazioni sui mezzi tecnici (le astronavi) presenti nel gioco, e ricostruire completamente le abilità dalla prima missione di addestramento, il cui testo dell'istruttore viene copiato in un menu speciale. Il protagonista inizia il gioco come cadetto pilota di caccia sulla stazione orbitale 'Prometheus'. Non appena inizia la guerra, materiali preziosi iniziano a essere evacuati dalla stazione di addestramento. Nel frattempo, il giocatore è impegnato nella difesa della stazione dai clan Devian e Plector. Dopo l'evacuazione, la stazione viene distrutta. Come risultato delle prime due missioni, il giocatore viene prematuramente promosso a tenente. Dopo l'arrivo agli unici iperportali stazionari nel sistema Capella, la testa di ponte, che include ex cadetti, libera il settore dai guardiani; un gruppo di navi speciali li cattura. Dopo questo, la flotta viene evacuata dal sistema. Nel tentativo di proteggere i trasporti con rifugiati e attrezzature, inseguiti dalle forze principali del Consiglio dei Clani del pianeta Clotho, una piccola ma ben armata flotta di Troyden cerca di sfuggire al nemico superiore. Alla fine del gioco, i Troyden, di fronte al tradimento, perdono la maggior parte della loro flotta, ma trovano un nuovo mondo in grado di salvare il resto.