La storia di Icarus: Alien Vanguard è stata scritta da Brian Kidby ed è disponibile solo sul sito ufficiale di TeamTNT per la WAD[1]. Come i materiali ufficiali della storia di Doom, è scritta in seconda persona. La storia si svolge dodici anni1 dopo gli eventi di Doom II, descritti come una "guerra globale totale" tra l'umanità e una razza invasiva che "attaccò con una furia che sembrava la progenie dell'Inferno stesso". Dopo che la razza umana evacuò la Terra, fu deciso di bombardare i punti d'ingresso dell'invasione dallo spazio. Dopo questo, furono inviate delle "unità militari speciali" per eliminare le forze sopravvissute. Quasi un anno dopo, la razza umana tornò sul pianeta ora devastato e iniziò a ricostruire, tra battaglie occasionali ma continue con i resti del nemico. In seguito all'invasione, le nuove Nazioni Unite istituirono l'Earth Defense Council (EDC), che avrebbe protetto il pianeta da future invasioni. A ciò provvede l'Earth Defense Force (EDF), la loro branca attiva, costituita da ogni forza militare del mondo, che esplora anche i sistemi planetari vicini in cerca di forme di vita ostili o meno. L'esplorazione è andata avanti per un anno prima dell'inizio della storia, tramite crociere a corto raggio, equipaggiate con sistemi di Trasporto del Personale (PT) sviluppati dalla UAC per viaggiare direttamente tra astronavi e pianeti. Due di essi hanno raggiunto le destinazioni e hanno inviato scansioni preliminari che suggeriscono l'assenza di segni di vita intelligente, con ulteriori dati attesi man mano che i team di esplorazione pianificati effettueranno presto scansioni della superficie. All'inizio della storia, il protagonista di Doom viene svegliato alle 2:00 del mattino da una chiamata del suo comandante, il generale Bill Robinson, per un'emergenza, che lo manda a un volo verso la base EDF nel Nord degli Stati Uniti vicino a Billings, nel Montana. Lì riceve la notizia: sembra che l'EDF abbia perso contatto con l'Icarus, l'ultima astronave da esplorazione lanciata, diretta verso il sistema Beta Pictoris. Essa stava esplorando e scandagliando i cinque pianeti2 di Beta Pictoris come previsto quando, secondo i suoi registri1, gli scanner hanno rilevato vita intelligente sul terzo. L'analisi ha rivelato che Beta Pictoris 3 possiede condizioni simili a quelle terrestri, e una squadra di ricognizione è stata inviata sulla superficie. Sfortunatamente, la squadra incontrò forme di vita ostili sei ore dopo l'atterraggio, provocando un conflitto a fuoco durato quasi mezz'ora nel corso del quale gli ostili sono stati apparentemente uccisi insieme ad alcuni membri della squadra di ricognizione. I corpi furono portati in laboratorio per l'analisi dal ramo Scientifico dell'Icarus. L'ultimo registro, circa cinque ore più tardi, rivela che gli ostili stavano simulando la morte e, successivamente, presero il controllo della nave usando i sistemi PT per aumentare il loro numero. L'intera ciurma dell'Icarus sembrò morta. Chiedendo al protagonista quando è previsto il decollo, il Generale gli informa che l'EDF non dispone di nulla in grado di raggiungere l'Icarus o Beta Pictoris 3. Quello che invece hanno è la posizione di un deposito di stoccaggio in Florida, un tempo appartenente all'IRS, che includeva una iper-navetta completamente funzionante tra altri velivoli e armamenti. Tuttavia, fu occupato dalle forze di invasione all'inizio del conflitto e l'EDF non lo ha riconquistato da allora. Un soldato (o un piccolo team) deve infiltrarsi nel deposito, riacquisire la navetta, volarla verso l'Icarus ed eliminare tutti gli ostili a bordo. Il protagonista è colui assegnato a questa missione, che accetta con piacere. Ha un "jump-jet" pronto per lui, previsto per il decollo alle 11:00. Tuttavia, prima di congedarlo, il Generale informa il protagonista di due cose. Innanzitutto, la navetta ha carburante sufficiente solo per raggiungere l'Icarus e non per il viaggio di ritorno, a meno che il protagonista non possa fare rifornimento sull'Icarus. In secondo luogo, l'Icarus deve essere restituito senza che alcun ostile sia vivo. Se sembra impossibile, il protagonista deve attivare l'autodistruzione e fuggire.