In KILLING FLOOR 2, i giocatori scendono nell'Europa continentale dopo che è stata invasa da orribili, omicidi cloni chiamati Zeds, creati dalla Horzine. L'epidemia di Zeds provocata dai falliti esperimenti di Horzine Biotech si è rapidamente diffusa con una spinta inarrestabile, paralizzando l'Unione Europea. Solo un mese fa, la prima epidemia di Zeds proveniente dal KILLING FLOOR originale ha dilaniato Londra; ora i cloni esemplari sono ovunque. La civiltà è nel caos, le reti di comunicazione sono fallite, i governi sono crollati, e le forze militari sono state sistematicamente sterminate. Le persone d'Europa sono ora concentrate sull'autoconservazione; i pochi fortunati che sono sopravvissuti si sono rifugiati. Ma non tutti hanno perso la speranza; un gruppo eterogeneo di civili, soldati e mercenari si è unito per combattere le epidemie provenienti da basi finanziate privatamente in tutta l'Europa. Quando viene rilevata un'epidemia di clone esemplari, i giocatori vengono inviati in zone infestate da Zed per eliminare tutte le minacce con qualsiasi mezzo necessario.