Lost Planet è ambientato nell’anno noto nel gioco come T.C. -80 sul pianeta fittizio E.D.N. III. Dopo che le condizioni della Terra diventano troppo ostili per gli esseri umani a causa della guerra, del riscaldamento globale e dell’inquinamento, una megacorporazione interstellare chiamata Neo-Venus Construction (NEVEC) progetta di colonizzare E.D.N. III, un nuovo pianeta simile alla Terra in preda a una brutale era glaciale. NEVEC scopre che E.D.N. III è abitato da una specie aliena aggressiva e territoriale a forma di insetto denominata Akrid, che si presentano in tutte le forme e dimensioni e generano la loro preziosa energia termica. Centocinquanta anni dopo una grande guerra in cui gli umani persero contro gli Akrid, la trama del gioco ruota attorno a Wayne Holden, un soldato che tenta di rovesciare NEVEC, che ancora contendono il controllo di E.D.N. III, e di contribuire agli sforzi di colonizzazione per il resto della razza umana distruggendo gli Akrid, tentando al contempo di sopravvivere sia ai tradimenti sia alle estreme condizioni del pianeta. Il gioco inizia con Wayne, suo padre Gale e la loro unità in una missione per uccidere un gigantesco Akrid noto come Green Eye. Durante la missione, Wayne viene separato dalla sua squadra e assiste all’esplosione dello VS di suo padre. Wayne viene lasciato a vagare nella neve e rimane completamente congelato per 30 anni. Wayne si sveglia e si trova nelle cure di Yuri Solotov e della sua banda di pirati della neve; Luka e Rick. A parte il suo nome e il Green Eye, Wayne non ricorda nulla della sua vita precedente. Yuri è particolarmente interessato all’estensione termica (o Harmonizer) attaccata al braccio di Wayne, che gli ha permesso di sopravvivere tutto questo tempo. Yuri dice a Wayne che NEVEC sta lavorando a un progetto progettato per scongelare il pianeta e renderlo sicuro da vivere. Wayne si unisce alla banda di Yuri e, durante una missione per eliminare un nido di Akrid, combatte una donna di nome Basil. Basil gli dice che Yuri ha ucciso suo marito e che stava cercando vendetta. Allo stesso tempo, Yuri scompare misteriosamente, lasciando Wayne a mettere in discussione la sua lealtà. Con l’aiuto di Rick e Luka, Wayne scopre la posizione del Green Eye e lo distrugge con lo VS di Gale (suo padre). Poco dopo, Wayne e il suo VS vengono attaccati dal comandante di campo di NEVEC, Bandero. Gradualmente, dopo essere sfuggiti all’attacco, Wayne ricorda che non fu il Green Eye a uccidere Gale, ma in realtà furono alcuni soldati di NEVEC con Bandero a osservare. Wayne e Luka riescono a scappare a malapena, solo per scoprire che la loro fortezza pirata (rimorchio) è stata assediata e che Rick è stato preso in ostaggio. Nel corso dell’anno successivo, Wayne e Luka lanciano attacchi di tipo hit-and-run contro NEVEC, che ha preso il controllo della razza umana. Durante uno dei loro attacchi scoprono che Rick è ancora vivo grazie al fatto che è stato salvato da Basil. Basil e Wayne prendono in ostaggio un soldato NEVEC di nome Joe. È dopo aver preso Joe prigioniero che Basil spiega che l’Harmonizer rallenta il processo di invecchiamento e sblocca i poteri dello VS di Gale. Dopo averlo interrogato, scoprono di più sul Frontier Project di NEVEC. Joe racconta loro che è il piano di NEVEC rendere E.D.N. III un luogo sicuro in cui vivere per gli umani. Dopo essersi uniti ai pirati della neve, Joe organizza per Wayne un incontro con i vertici di NEVEC, portando inconsapevolmente a un’imboscata in cui Bandero spara a Wayne alla gamba. Durante la confrontazione, Wayne e Joe scoprono che il progetto userà il T-ENG non solo per eliminare tutti gli Akrid ma anche per uccidere tutti gli umani rimasti in superficie, mentre tutto NEVEC osserva tranquillamente dall’alto. Sconvolti, i pirati intraprendono una missione finale per fermare il progetto. Wayne affronta Bandero per l’ultima volta, lo uccide e riacquista lo VS ricostruito di suo padre. Wayne trova Yuri e, prima di morire per tortura, Yuri gli concede un accessorio al suo Harmonizer che gli permetterà di sbloccare il vero potere del suo VS. Mentre Wayne inizia l’assalto contro il capo di NEVEC, il comandante Isenberg, Basil si sacrifica per guadagnargli tempo e Joe aziona degli esplosivi per distruggere l’ascensore da cui NEVEC potrebbe nascondersi. Wayne affronta Isenberg e, dopo aver combattuto nei VS, gli spara alla testa con un solo colpo di pistola poco prima di svenire, perdendo di nuovo la memoria. Wayne si risveglia per scoprire che Luka e Rick stanno iniziando a sciogliere tutto il ghiaccio e la neve del pianeta, e la colonizzazione riprende lentamente.