Machinarium apre con una panoramica della città omonima mentre un drone di smaltimento decolla dalla torre più alta. Il protagonista, un robot chiamato Josef, viene scaricato su un mucchio di rottami, dove si ricompone e parte per la città. Entrando nella città, scopre un complotto della Black Cap Brotherhood, i suoi tre antagonisti teppisti, per far esplodere la torre della città.