Fai parte dell'avventura animata di Dreamwork's guidando Marty lo zebra, Alex il leone, Melman la giraffa, Gloria l'ippopotamo e quei pinguini furtivi mentre fuggono dallo Zoo di Central Park nelle strade di New York e poi nella giungla selvaggia... ehm, lo zoo di San Diego. La trama è esattamente la stessa del film e ogni capitolo ti porterà più avanti nella storia. Ogni capitolo avrà vari obiettivi. Per completare il capitolo è richiesto un solo obiettivo specifico, quindi puoi sempre rigiocare il capitolo in seguito per provare a completare tutti gli obiettivi. Ogni livello richiederà anche di giocare come un personaggio diverso e alcuni coinvolgeranno tutti i personaggi. Ogni personaggio ha le proprie abilità uniche: Marty può dare calci con le zampe posteriori, muoversi furtivamente tra i suoi nemici, scivolare e compiere salti lunghi. Alex il leone può lanciare frutti, usare le sue unghie e ruggire contro i suoi nemici. Gloria può rotolarsi, saltare sull'anca e colpire i suoi nemici con un colpo d'anca. E quando mangia peperoncini, potrà caricare contro i suoi nemici. Melman può girare su se stesso, lanciare oggetti e colpire i nemici con la testa. Può anche eseguire la mossa Helicopter, che gli permette di planare su lunghe distanze. Infine il Pinguino può scivolare, pescare e attaccare con una mossa finale (qualcosa di simile a un colpo di karate) per sconfiggere i nemici. Durante il gioco ci saranno vari oggetti da raccogliere, tra cui Life Tikis per rifornire la barra della salute e Monkey Money che ti permetterà di acquistare oggetti speciali al Zoovenir Shop, come minigiochi e costumi speciali per il cast di Madagascar.