La trama della Modalità Storia, come in molti giochi di combattimento, è principalmente un espediente narrativo che serve a spiegare come un numero così vario di personaggi possa essere riunito. La trama di base segue, sebbene i dettagli differiscano a seconda del personaggio scelto da giocare, ma tutte raccontano essenzialmente la stessa storia, seppur da diverse prospettive. Ogni millennio, per mantenere l'equilibrio cosmico della magia tra i multiversi, viene indetto un torneo per trovare il mago più grande e potente. I partecipanti a questo torneo sono tutti rapiti dal loro mondo di origine e trasportati in una dimensione separata. A tutti viene detto che devono combattere e vincere per poter tornare a casa. Lungo il percorso, uno dei concorrenti che il personaggio incontra è un suo amico (e/o compagno). All'inizio devono combattere tra loro, e quando il personaggio riesce a sconfiggerli, uniscono le forze. Una volta che il personaggio e il loro compagno hanno affrontato e sconfitto tutti gli altri concorrenti, affrontano l'apparente ospite di questo torneo e viene loro rivelata la verità sulla lotta. Per mantenere l'equilibrio cosmico della magia tra i multiversi, il mago più forte e potente deve essere reso un teosu - sacrificato per far funzionare il sistema di taratura magica Kyrios. L'ultimo dovere di un teosu è selezionare il prossimo, e il torneo era il modo più efficace per scoprire chi sarebbe diventato il prossimo. Dopo che questi personaggi hanno combattuto, si decide che lavoreranno tutti insieme per trovare una soluzione alternativa per mantenere l'equilibrio, anche se il piano non viene mai chiarito.