Nel gioco, il giocatore interpreta Spectre, un mercenario pilota di BattleMech che viaggia all'interno della regione interstellare fittizia dell'universo BattleTech chiamata Inner Sphere durante la Guerra Civile FedCom (più precisamente nel periodo che va dal 1 gennaio 3066 fino a fine luglio 3067). La compagnia mercenaria del giocatore inizialmente affronta minacce localizzate su pianeti distanti dalla guerra civile. Man mano che la squadra del giocatore accetta missioni, gli incarichi diventano sempre più difficili; a un certo punto, Spectre potrebbe sfidare un gruppo Jade Falcon guidato da Aisa Thastus a duello. Lo Star Colonel - Aisa Thastus - si unirà alla squadra del giocatore come bondsman se i Falcons vengono sconfitti in questa missione. È una battaglia sulla spiaggia che mette contro 8 dei migliori di Spectre e 10 dei suoi. Quella missione può essere sostituita con una missione per attaccare i Falcons in un attacco a sorpresa, dove la battaglia è altrettanto difficile. Questa scelta porta alla morte di Asia invece che al suo ingresso nella squadra. A seconda di come il giocatore ha gestito l'alleanza tra House Steiner e House Davion, si finisce in uno dei due percorsi di missione, con 3 finali differenti.