Su una rovina di torre nel mezzo dell'oceano, Mega Man recupera un grosso refractor blu. Sconfiggendo i Reaverbots che ostruiscono la sua via d'uscita, si dirige verso il Flutter, che lascia la rovina. Tuttavia, il Flutter incontra problemi al motore e atterra sull'isola di Kattelox. Da lì, i Casketts cercano un modo per riparare la loro nave. Tuttavia, quando i pirati attaccano la città di Kattelox con gigantesche armi meccaniche, Mega Man decide di fermarli. Mega Man sconfigge i robot corazzati che pattugliano Downtown, guidati da Tron Bonne, e quelli che assediano City Hall, guidati da Bon Bonne. Il loro leader, Teisel, decide di attaccare le rovine di Clozer Woods, ma Mega Man lo sconfigge anche lui. Il sindaco di Kattelox, Amelia, dice a Mega Man che i Bonnes stanno cercando il tesoro segreto dell'isola e che la leggenda dice che se qualcuno lo ottiene, un grande disastro cadrà sull'isola. Amelia chiede a Mega Man di indagare sulle rovine dell'isola. Nelle Forest Ruins, Mega Man trova un grande Refractor giallo. Lo usa per fornire energia a una barca in Uptown per accedere alle Lake Ruins, sconfiggendo i Bonnes che avevano rubato le altre barche e le avevano trasformate in armi robotiche. Mega Man trova un enorme Refractor rosso nelle Lake Ruins, che Roll e lui usano per riparare il Flutter e accedere all'ingresso delle Clozer Woods rovine. All'interno, Mega Man sblocca la rovina più grande dell'isola, la Main Gate, sperando di scoprire il motivo per cui i Reaverbots dell'isola si attivano. Sulla via del ritorno, i Bonnes affrontano il Flutter con la loro nave madre, ma Mega Man li sconfigge di nuovo e distrugge la Gesellschaft. Quando Mega Man esplora le profondità della Main Gate, sblocca le Sub-Cities sull'isola. Mentre esplora le tre, trova i Bonnes nell'Old City e distrugge il loro robot più recente, un colossal mostro chiamato Bruno. Accettando la sconfitta, i Bonnes lo lasciano, sebbene pianifichino di rubare il tesoro della Main Gate non appena Mega Man lo otterrà. Dopo aver usato le tre chiavi dalle Sub-Cities per accedere alle profondità della Main Gate, Mega Man scopre una camera di stasi per l'antico robot Mega Man Juno, un'unità burocratica di terza classe proveniente da Eden, una stazione spaziale in orbita sopra il pianeta. Mega Man sveglia accidentalmente Juno, che si riferisce a Mega Man come "Mega Man Trigger", e si rende conto che Mega Man soffre di perdita di memoria. Juno sostiene che la popolazione dell'isola debba essere purgata affinché sia più controllabile, e lascia Mega Man in una trappola mentre egli interagisce con il programma nelle profondità più profonde della rovina. Mega Man sfugge dalla trappola con l'aiuto di Tron e Teisel e affronta Juno; nonostante Juno si trasformi in una forma gigante, Mega Man lo sconfigge. Anche se il corpo fisico di Juno è andato, le sue ultime parole trasferiscono i suoi dati di backup nei sistemi di Eden e confermano il Carbon Purification Process. Data impartisce nuovi comandi al sistema, fermando la Purificazione e cancellando i dati di backup di Juno da Eden. Data rivela poi a Mega Man che contiene tutti i suoi ricordi precedenti da quando era Mega Man Trigger. Mega Man aveva conservato i suoi ricordi in Data come modo per impedire a Eden di manometterli. Data promette di ripristinare la memoria di Mega Man quando arriverà il momento. Gli abitanti proclamano Mega Man un eroe e la famiglia Casketts parte a bordo del Flutter riparato per proseguire il loro viaggio. Nel frattempo, i Bonnes navigano su una piccola barca costruita da Tron dai rottami degli altri robot, trainando con sé il colossal refractor del Main Gate.