Seguendo gli incidenti di Eurasia e Nightmare, i Reploids lavorano diligentemente per ricostruire la Terra. Stanchi delle apparentemente interminabili Maverick Wars, X decide di ritirarsi in cerca di soluzioni più pacifiche, lasciando Zero al comando.[6] In assenza di X, l'attività Maverick inizia rapidamente a crescere, il che porta alla formazione di un gruppo vigilante anti-Maverick non autorizzato noto come Red Alert. Man mano che il gruppo diventa sempre più spericolato, uno dei loro membri, un prototipo Reploid di nuova generazione chiamato Axl, decide di defezionare. Red, il leader del gruppo, è arrabbiato per l'abbandono di Axl e scatena una furia per riportarlo indietro.