Mission Critical è un'avventura grafica in prima persona. È il 2134 e l'umanità è in guerra da 50 anni da quando Alliance dichiarò l'indipendenza dal soffocante dominio dell'UN e dalle sue politiche anti-tecnologia. L'Alliance sta perdendo la guerra contro le forze dell'UN, numericamente superiori, ma recentemente gli scienziati dell'Alliance hanno scoperto un artefatto alieno sul pianeta Persephone. Sei a bordo dell'USS Lexington in una missione top-secret per investigare sull'artefatto e, si spera, cambiare il corso della guerra a favore dell'Alliance. Ma le spie dell'UN sono ovunque, e prima che finisca il filmato introduttivo, la Lexington è stata attaccata all'improvviso e Captain Dayna è stata costretta a sacrificare quasi l'intera ciurma della Lexington per distruggere l'incrociatore Dharma in attacco, lasciando solo te, incosciente.