Li Xiaoyao, il protagonista del gioco, è un orfano che vive con sua zia in un piccolo villaggio di pescatori vicino a Suzhou, in Cina. Quando la zia si ammala, Li viaggia oltre il mare verso un'isola mistica in cerca di una cura per la zia. Incontra una giovane Zhao Ling'er, di cui si innamora. Costretto dalla tata di Zhao a sposare Zhao e a rimanere sull'isola per sempre, riesce a fuggire con la medicina e riesce a guarire la zia. Tuttavia, perde la memoria del suo incontro sull'isola dopo essere stato ingannato nell'assumere una droga che cancella i ricordi. Incontra di nuovo Zhao, salvandola da un gruppo di nemici che hanno distrutto la sua casa e assassinato la sua tata. Poi decide di accompagnarla nella Cina sudoccidentale in cerca di sua madre, che potrebbe essere ancora viva. Li e Zhao arrivano a Suzhou e incontrano Lin Yueru, la figlia viziata di un ricco artista marziale. Li sorprendentemente sconfigge Lin in un torneo di arti marziali e conquista la sua mano in matrimonio. Quando Li mostra riluttanza a sposare Lin, suo padre minaccia di ucciderlo se non sposa lei, quindi Li finge di accettare, ma pianifica di scappare in seguito. Nella notte di nozze, una gigantesca serpente viene avvistata e Zhao scompare in circostanze misteriose. Li e Lin credono che Zhao sia stata catturata da un mostro, quindi partono per cercarla e arrivano in Sichuan, dove ha sede Mount Shu Sect, un potente clan delle arti marziali. Scoprono che Zhao è in realtà uno spirito mezza-serpente e è stata imprigionata nella Demon Prison Tower dagli anziani della Mount Shu. Li e Lin irrompono nella torre e riescono a salvare Zhao dopo aver fatto una discesa pericolosa al livello più basso. Tuttavia, tutti riportano gravi ferite quando la torre crolla mentre cercano di fuggire. Il trio viene salvato da un guru della medicina erboristica, che dice a Li che Zhao è incinta del loro bambino, e che Lin è morta per le ferite riportate. Li è profondamente rattristato dalla morte di Lin, ma mette da parte il suo dolore perché ha una missione più importante da completare: trovare due oggetti rari in grado di salvare la vita di Zhao e del loro bambino non ancora nato. La missione di Li lo porta nel sud-ovest della Cina, dove vivono i Miao. Incontra e diventa amico di Anu, una principessa White Miao, che gli racconta la storia della sua terra d'origine. La terra dei Miao è stata colpita da una prolungata siccità e i White Miao e i Black Miao sono in guerra l'uno contro l'altro per le risorse scarse. Li completa la sua missione e Zhao si riprende, dopo di che lei evoca una tempesta di pioggia e ripristina la pace nella terra dei Miao. Attraverso le loro avventure, Li, Zhao e Anu scoprono che la siccità è stata effettivamente causata da un malvagio chierico Black Miao. Lo affrontano e lo sconfiggono in battaglia. Durante la battaglia, Zhao si sacrifica per distruggere un antico mostro d'acqua evocato dal chierico. Li è traumatizzato per la perdita di Zhao e Lin. Saluta Anu e se ne va da solo. Proprio in quel momento, vede Lin, portando suo figlio. La riapparizione di Lin alla fine del gioco è spesso oggetto di dibattito, ma la storia ufficiale rilasciata da Softstar Entertainment sostiene che Lin sia morta e non possa essere resuscitata. Tuttavia, il suo corpo potrebbe essere riportato in vita, ma non sarà mai la stessa di prima perché la sua anima è morta.