SpongeBob e Patrick stanno facendo bolle di sapone quando appare un portale strano e trascina Patrick. Un altro portale si apre e una voce strana dice a SpongeBob di entrarci per salvare Patrick, spingendolo a tuffarsi dentro. Dopo aver attraversato diversi mondi, SpongeBob trova Patrick, che diventa furioso e lo attacca. SpongeBob lo doma, riportandolo alla normalità, e vengono portati in una dimensione tascabile chiamata Timeless Stardial, dove incontrano colui che ha evocato SpongeBob, Clockwork. Clockwork spiega che Vlad Plasmius ha acquisito il potere di controllare la mente di altri esseri, e ora cerca di prendere il controllo di chiunque proveniente da ogni universo. Clockwork concede agli eroi un medaglione temporale, che gli permetterà di riavvolgere il tempo nel caso cadano in battaglia, e li invia a liberare altri potenziali alleati dal controllo di Vlad.