Il protagonista è un giovane uomo gentile che vive in un villaggio remoto. Per salvare sua sorella Yonah, che è stata colpita da una malattia terminale nota come Black Scrawl, parte con Grimoire Weiss, un tomo parlante strano, per cercare i 'Sealed verses'. Vivi per la prima volta la storia di NieR Replicant in Occidente attraverso gli occhi del protagonista, nei panni di un fratello.