Beh, a un livello, è la tua classica storia di bene e male. A un altro livello, esplora temi di totalitarismo camuffato e di rivoluzione disperata. Il gioco cerca di essere rilevante nel mondo reale facendosi parte del gioco. Ha senso tutto ciò? Collegando fortemente il concetto del gioco di Omikron alla realtà e definendo il personaggio del giocatore in base alla sua vita reale, abbiamo chiaramente collegato l'universo parallelo al nostro. Di fatto, la vita stessa del giocatore diventa il nostro scenario. Quantic crede che possa essere il primo gioco buddhista al mondo—buddhista con le armi, lo chiamo.” – Philip Campbell, Progettista Senior di Eidos Subito dopo che il giocatore inizia l’indagine nel settore di Anekbah, scopre informazioni che suggeriscono che l’assassino seriale che sta cercando è, in realtà, non umano ma un demone. Quando membri di un apparente movimento sotterraneo anti-governativo contattano il giocatore e confermano i suoi sospetti, l’indagine si approfondisce e rivela che uno dei principali comandanti di polizia di Omikron (Comandante Gandahar) è, in effetti, un demone che finge di essere umano e attira anime umane in Omikron provenienti da altre dimensioni tramite il videogioco con cui il giocatore sta effettivamente interagendo. Nonostante numerosi tentativi di ucciderlo da parte di altri demoni che agiscono dietro le quinte, il giocatore allora usa armi soprannaturali di origine antica per distruggere Gandahar. Dopo questa breve vittoria, al giocatore viene quindi chiesto di unirsi al misterioso movimento anti-governativo che si chiama "The Awakened", riferendosi al fatto che essi hanno "risvegliato" dalle bugie e droghe del governo. The Awakened lavorano in tandem con un antico ordine religioso guidato da "Boz", un essere mistico che esiste in forma puramente elettronica sulle reti informatiche di Omikron. The Awakened si riferiscono al giocatore come "The Nomad Soul" dal momento che ha la capacità di cambiare corpo a piacimento. The Nomad Soul impara anche che quanto sta accadendo in Omikron è semplicemente un’estensione di una battaglia che dura da migliaia di anni tra l’umanità e i demoni guidati dal potente Astaroth. Astaroth, che fu bandito nelle profondità di Omikron molto tempo fa, sta lentamente rigenerando potere usando demoni sia per raccogliere anime sia per impersonare membri di alto rango del governo affinché possa, in fin dei conti, prendere il pieno controllo e muoversi attraverso il pianeta e, infatti, l’universo. Solo attingendo a una tecnologia antica e magica e riscoprendo diverse tombe nascoste e catacombe sotto la superficie di Omikron, The Nomad Soul spera di scoprire come distruggere Astaroth, tornare nella propria dimensione e impedire che la sua anima venga catturata dai demoni.